Vyskupų kripta
Po Švč. Sakramento koplyčia, anksčiau buvusia Vyskupų, įrengta Vyskupų kripta, kurioje šimtmečiais buvo laidojami Vilniaus vyskupai: Jonas Žygimantaitis, Motiejus Ancuta, Jonas Zaviša, Mykolas Zienkovičius, Ignas Jokūbas Masalskis. Kai kurie vyskupai palaidoti koplyčiose: Povilas Alšėniškis – Goštautų koplyčioje, Eustachijus Valavičius – Valavičių koplyčios kriptoje, Abraomas ir Benediktas Vainos – kriptoje prie didžiųjų katedros durų. 1989 m. į šią kriptą atneštas karstas, kuriame įdėta sauja žemių iš bendro kapo prie Vladimiro kalėjimo, kuriame 1953 m. lapkričio 8 d. mirė Vilniaus arkivyskupas Mečislovas Reinys. Vyskupų kriptoje 1991 m. birželio 24 d. buvo palaidotas Vilniaus arkivyskupas Julijonas Steponavičius, 1992 m. perlaidotas Tremtinių koplyčioje prie vakarinės sienos.