Katedra sovietmečiu

1949 m. katedra uždaryta, 1950 m. Kazio Preikšo iniciatyva nuo arkikatedros nuverstos ir susprogdintos šventųjų skulptūros. 1950 ir 1951 m. kelis kartus į uždarytą katedrą įsilaužta. Daug buvusių vertybių išvogta, o likęs turtas sužalotas. 1951 m. kapitulos archyvo likučiai (1320 aplankų, 130 ryšulių) ir daugiau kaip 4000 knygų perduota Knygų rūmų specialiajam fondui. 1953 m. karstas su Šv. Kazimiero palaikais perkeltas į Šv. apaštalų Petro ir Povilo bažnyčią (grąžintas 1989 m.). 1953 m. rugsėjo 4 d. komisija apžiūrėjo katedrą ir nustatė, kad jos turtas išdalytas įvairioms įstaigoms, kita dalis parduota. Rasti apnaikinti altoriai, sulaužyti baldai, sužaloti vargonai, apgadintos skulptūros, antkapiai. Po 1953 m. katedra perduota Dailės muziejui. 1955—1956 m. perdažyta, įvestas šildymas. 1956 m. katedroje įrengta Paveikslų galerija. Nuo 1968 m. tirta pastato konstrukcijų būklė, daryti architektūriniai tyrimai. Darbams vadovavo inžinierius Napaleonas Kitkauskas. 1969 m. Potsdamo H. Šukės firma restauravo vargonus. 1980 m. stogas uždengtas vario skarda, perdažyti fasadai, restauruotos jų skulptūros. Nuo 1981 m. restauruotas vidus. 1984—1986 m. atlikti papildomi archeologiniai ir architektūriniai tyrimai.