Tyrinėjimai

1931 m. po pavasarinio potvynio katedros sienose atsivėrė didesni plyšiai. Įsteigtas Vilniaus bazilikos Gelbėjimo komitetas iškėlė iš požemių daugelį palaikų, tyrinėjo pastato būklę, šventovės kriptose betonavo polius, o koplyčiose sienas suvaržė specialiais kabliais. Po šv. Kazimiero koplyčia, atradus kunigaikščių ir jų šeimų narių palaikus, įrengtas mauzoliejus.

1968-1989 m. kriptos buvo tvarkomos, vykdomi tyrinėjimai, parengta ekspozicija. Tarp pirmojo ir antrojo šiaurinių piliorių, šventovės rūsiuose atrasti pirmosios katedros, statytos dar XIV a. pabaigoje, vakarinės sienos, sumūrytos iš lauko akmenų, fragmentai. Prie pat sienos – glazūruotomis plytelėmis išklotų grindų plotelis. Seniausieji palaidojimai rasti daugiau kaip 3 m gylyje. Visų palaidotų asmenų galvos atgręžtos į vakarus. Įkapės dėl drėgmės sunykusios. Mirusiųjų kūnai karstuose buvo apipilami negesintų kalkių ir pelenų mišiniu, kad neplistų ligos. Pirmieji laidojimai - skobtiniuose karstuose, kurių apačios nesupuvusios, nes mirko gruntiniame vandenyje.