Paveikslai šoninėse navose
Tuo metu, kai katedroje dirbo Pranciškus Smuglevičius, į Vilnių iš Italijos buvo pakviestas dailininkas Costantino Villani, kuris specialiai šiai šventovės erdvei nutapė 16 paveikslų. Tai Lietuvoje išraiškingiausias paveikslų ciklas Biblijos temomis. Žiūrint į altorių, kairėje pusėje — Naujojo Testamento temos, dešinėje — Senojo. Tokia kūrinių išdėstymo tvarka, kai Naujojo Testamento scenos turi aiškų ryšį su Senuoju Testamentu.
Bažnyčioje yra ilgaamžė tradicija Senąjį Testamentą skaityti kaip Naujojo prefigūraciją: „Senojo Testamento išganymo planas buvo ypač skirtas paruošti keliui, pranašiškai paskelbti ir įvairiais vaizdais išreikšti ateisiančiam visų Atpirkėjui Kristui bei jo Karalystei“ (Dieviškasis Apreiškimas, 15).
Aštuoni paveikslai vaizduoja Senojo Testamento siužetus. Šie dailės kūriniai pakabinti pietinėje navoje, virš koplyčių tarp piliastrų esančiuose tarpuose. Pietine nava nuo šv. Kazimiero koplyčios einant vargonų choro link kabo tokius Senojo Testamento siužetus vaizduojantys paveikslai: „Žmogaus sutvėrimas“, „Abelio nužudymas“, „Abraomo auka“, „Jokūbo sapnas“, „Juozapas kalėjime“, „Mozė ant Sinajaus kalno“, „Jozuės pergalė“, „Saliamono teismas“.
Šiaurinėje navoje virš koplyčių tarp piliastrų esančiuose tarpuose kabo kiti aštuoni dailininko Konstantino Villani paveikslai. Nuo zakristijos einant vargonų choro link tarp piliastrų esančiuose tarpuose kabo šie paveikslai: „Angelo Gabrieliaus apreiškimas Marijai“, „Jėzaus Kristaus gimimas“, „Kūdikių žudynės“, „Trijų Karalių pagarbinimas“, „Bėgimas į Egiptą“, „Kristaus krikštas“, „Kristaus guldymas į kapą“, „Šventosios Dvasios atsiuntimas“.
Pradedant nuo altoriaus šoninėse navose palyginkime priešingose pusėse sukabintus paveikslus.
Apreiškimas Švč. M. Marijai — Žmogaus sukūrimas
„Senojo žmogaus“ ir žmonijos Tėvo Adomo gimimas iš Dievo valios ir „Naujojo žmogaus“ pasaulio Išganytojo Kristaus prasidėjimas Švč. M. Marijos įsčiose. Adomo sukūrimu prasideda žmonijos istorija, Jėzaus Kristaus Įsikūnijimu – žmonijos išgelbėjimo istorija. Pradžios knygoje Dievas yra Kūrėjas, Naujajame Testamente – Dievas yra Meilė, aukojanti savo Vienatinį Sūnų žmonijos išgelbėjimui.
Jėzaus Kristaus gimimas — Kainas užmuša Abelį
Atpirkėjo gimimas ir brolžudystė, žmogaus nuodėmė ir nuodėmės padariniai. Nepaisant bausmės už nuodėmę, Dievas veda žmogų į susitaikinimą išganymo viltimi ir palaimos pažadu. Krikščioniškoje tradicijoje Abelio auka siejama su Kristaus auka.
Kūdikių išžudymas — Abraomo auka
Kūdikių išžudymas ir Abraomo auka skelbia, kad Dievas stebuklingai išgelbsti nekaltąjį: Kūdikėlį Jėzų ir Izaoką grąžina Tėvui, tačiau abu įvykiai sietini ir su Kristaus auka bei mirtimi ant kryžiaus. Šv. Raštas primena kaip svarbu atpažinti Išganymo istorijos įvykiuose nuorodą į jų amžinąją reikšmę.
Trijų Karalių pagarbinimas — Jokūbo sapnas
Kūdikio Jėzaus apsireiškimas (Epifanija) išminčiams iš Rytų – tai pirmasis viešas Jėzaus pasirodymas pasauliui. Jokūbui sapne taip pat apsireiškia Viešpats ir atskleidžia save: „Aš esu Viešpats, Dievas tavo senelio Abraomo ir Dievas Izaoko“ (Pr 12—13). Šv. Rašte Viešpaties apsireiškimas kviečia žmogų atsiliepti jam tikėjimu.
Bėgimas į Egiptą — Juozapas kalėjime aiškina faraono sapną
Kaip sapne angelo perspėtas ir su šeima į Egiptą pabėgdamas šv. Juozapas išgebsti kūdikį Jėzų nuo Erodo įniršio, taip Senojo Testamento Juozapas, teisingai išaiškinęs Egipto faraono sapną, išsigelbsti iš vergovės. Šeimos globėjo tipologija.
Kristaus krikštas — Mozė Sinajaus kalne gauna Dievo įsakymus
Centriniai biblinio ciklo paveikslai dar kartą išryškina Viešpaties apsireiškimo temą: „Pakrikštytas Jėzus tuoj išbrido iš vandens. Saiga atsivėrė dangus, ir jis pamatė Dievo Dvasią, sklendžiančią žemyn it balandį ir nusileidžiančią ant jo. O balsas iš dangaus prabilo: „Šitas yra mano mylimasis Sūnus, kuriuo aš gėriuosi“ (Mt 3, 16—17). Didysis Viešpaties apsireiškimas pranašui Mozei įvyksta dekalogo perdavimo metu ant dūmuose paskendusio Sinajaus kalno (Iš 19—20).
Kristaus guldymas į kapą — Jozuės pergalė
Jozuė — Mozės įpėdinis, įvedęs Dievo tautą į Pažadėtąją žemę. Dievas, leisdamas paveldėti Pažadėtąją žemę, įvykdo visus savo pažadus. Dievo ištikimybė kulminaciją pasiekia Sūnaus mirtyje už žmoniją.
Šventosios Dvasios atsiuntimas — Saliamono teismas
Šioje sąsajoje alegoriškai akcentuojama Šventosios Dvasios kaip išminties teikėjos malonė. Ji padėjo karaliui Saliamonui atskirti tiesą nuo melo, ji įkvėpė Kristaus mokinius skelbti Gerąją Naujieną pasaulyje.
Kryžiaus kelio stotys ir kiti paveikslai
Šoninėse navose ant piliorių kabo 1909 m. Nikodemo Silvanavičiaus nutapyta keturiolika Kryžiaus kelio stočių. Prie jų Gavėnios penktadieniais vyksta Kryžiaus kelio pamaldos. Daug katedros maldininkų ir kitais metų penktadieniais privačiai apmąstydami Jėzaus kančią meldžiasi apeidami šias Kryžiaus kelio stotis.
Katedros šiaurinės navos gale, prie zakristijos, ant pirmojo pilioriaus šiaurinės sienos kabo Lietuvos Didžiojo Kunigaikščio Vytauto portretas. Šis Lietuvoje XVII—XVIII a. nutapytas Vytauto atvaizdas laikomas kanoniniu, labiausiai šį asmeniu atitinkančiu portretu. Kunigaikštis Vytautas vaizduojamas su didžiojo kunigaikščio karūna ant galvos ir mantija ant šarvų. Manytina, kad šis vaizdavimas turėjo ankstesnius prototipus ir vėliau plito grafinių atspaudų pavidalu. Ankčiau paveikslas iki 1854 m. kabojo Švč. Mergelės Marijos Ramintojos bažnyčioje, kurioje meldėsi vienuoliai augustijonai, pirmają Lietuvoje savo vienuolyno fundaciją gavę iš Lietuvos Didžiojo Kunigaikščio Vytauto. Šis atvaizdas ir buvo nutapytas Vytauto funduotai Lietuvos Brastos Augustijonų bažnyčiai.
Katedros pietinės navos gale prie pagrindinio įėjimo, netoli Tremtinių koplyčios, kabo didelė Pranciškaus Smuglevičiaus drobė, nutapyta 1802 m. „Petras kalėjime krikštija kareivį“. Nors Šv. Rašte ši scena neminima, tačiau krikščioniškoje tradicijoje ji yra žinoma, nes pristato atsivertimo malonę patyrusį karį ir Dievo gailestingumą liudijantį Jėzaus mokinį. Prie šio paveikslo ant piliastro kabo nežinomo XVIII a. italų dailininko darbas „Nukryžiavimas“. Paveikslo vieta neatsitiktinė – apačioje stovi didelis švesto vandens indas. Maldininkas, įėjęs į katedrą, žvelgdamas į kryžių ir save apšlakstydamas švęstu vandeniu persižegnoja — taip atnaujina savo krikštą, nusiteikia pamaldžiai Dievą pagarbinti.
Katedros šiaurinės navos gale prie pagrindinio įėjimo, netoli šv. Vladislovo koplyčios — Kanuto Rusecko 1855 m. nutapytas paveikslas „Paskutinė vakarienė“.
Šalia vargonų iš pietinės pusės matomi šv. Petro, o iš šiaurinės — šv. Pauliaus atvaizdai. Šių kūrinių autorius — Juozapas Hiliaras, paveikslai nutapyti 1815 m.
Paveikslai koplyčiose
Kiti paveikslai, dažnai ne tik praeityje garsėję prie jų patiriamomis Dievo malonėmis, bet ir šiais laikais sulaukiantys maldininkų dėmėsio, kabo koplyčiose: „Šv. Kazimieras Trirankis” — Šv. Kazimiero koplyčioje, „Sapiegų Madona“ — Goštatutų koplyčioje, „Kristus – Geroji Viltis“ — Švč. Sakramento koplyčioje, „Šv. Jonas Nepomukas prieš karalių Vaclovą“, „Nekaltai Pradėtoji Švč. Mergelė Marija“ — Valavičių koplyčioje.