Katedra Lietuvai laisvėjant
1988 m. spalio 22 d. per Sąjūdžio suvažiavimą paskelbta apie arkikatedros grąžinimą tikintiesiems. Spalio 23 d. anksti ryte Lietuvos vyskupai ir kardinolas Vincentas Sladkevičius aukojo šv. Mišias prie grąžintos katedros durų. Šventovėje vyko restauravimo darbai, atstatytas altorius, sakykla, vyskupo sostas. 1989 m. Vasario 3 d. visoje Vilniaus arkivyskupijoje iš anksto buvo paskelbta kaip pasninko ir atgailos diena. Vasario 5 d. Vilniaus arkikatedra iškilmingai atšventinta. Arkivyskupas J. Steponavičius atgailos ir atsiprašymo ženklan prieš didįjį altorių atsigulė kryžiumi, tuo metu klierikų choras giedojo „Visų šventųjų litaniją“. Chorui giedant atgailos psalmes arkivyskupas J. Steponavičius naujai pašventino altorių, arkikatedros sienas.
Šv. Mišioms vadovavo arkivyskupas Julijonas Steponavičius, koncelebravo vyskupai Antanas Vaičius, Juozas Preikšas, Panevėžio vyskupijos valdytojas prelatas Kazimieras Dulksnys, buvęs Vilniaus arkivyskupijos valdytojas prelatas Algirdas Gutauskas, Kauno Kunigų seminarijos rektorius kun. Viktoras Butkus. Per šv. Mišias giedojo naujai susikūręs Katedros choras, vadovaujamas vargonininko Prano Sližio. Pamaldose dalyvavo kitų religinių konfesijų dvasininkai: Vilniaus pravoslavų arkivyskupas Viktorinas ir liuteronų vyskupas J. Kalvanas bei Kestono kolegijos vedėjas anglikonų kunigas Maiklas Burdo (parašęs knygą apie Bažnyčios persekiojimą Lietuvoje, pavadintą „Kryžių Lietuva").
1989 m. kovo 4 d. į arkikatedrą buvo iškilmingai perneštas karstas su šv. Kazimiero palaikais. Nuo 1989 m. arkikatedroje vėl nuolat aukojamos šv. Mišios.
1993 m. buvo atstatytos skulptūros ant Katedros fasado (skulptorius Stanislovas Kuzma). Nuo 1993 m. tapo tradicija Vilniaus arkikatedroje rengti naujai išrinktojo prezidento inauguracijos iškilmių pamaldas.
1993 m. rugsėjo 4 d. popiežius Jonas Paulius II malda Vilniaus arkikatedroje pradėjo apaštališkąjį vizitą Lietuvoje (1993 m. rugsėjo 4—8 d.). Šioje šventovėje popiežius susitiko su visos Lietuvos kunigais, klierikais ir vienuoliais. Šv. Kazimiero koplyčioje popiežius meldėsi prie Lietuvos globėjo relikvijų ir asmeniškai pasveikino kiekvieną garbaus amžiaus dvasininką, dalyvaujantį istoriniame susitikime su Šventuoju Tėvu.
